Поскольку проект Чистота не работал, отец гг захотел использовать ГЕКК, чтобы дать проекту шанс))) Он направился в то убежище, где спасся войны создатель ГЕКК, Станислав Браун. Отец хотел порыться в его записях, чтобы узнать свои шансы на успех, при использовании ГЕКК для очищения воды, но когда он пришёл в убежище, его там ждала самая неожиданная ловушка - Тренквилити Лейн. Находясь в виртуальной "Успокаивающей Аллее" отец сумел лично поговорить с Брауном, и понять, что с ГЕКК проект заработает.
Однако выйти он сам не мог, это было связано с действиями Брауна.
ГГ освобождает отца из ТЛ, и они идут в Ривет Сити, где отец убеждает своих старых товарищей по проекту на вторую попытку, и это ему удаётся.
Вы приходите всей компанией на очиститель, где отец тебе поручает многочисленные задания, связанные с приведением старого оборудования в рабочий вид. Но когда остаётся только активировать главный компьютер...
На очиститель дружно приходим МЫ - АНКЛАВ) И соответственно объявляем очиститель правительственной собственностью, как и проект Чистота.
Отец жертвует собой ради того, чтобы спасти всю грязь пустошей от смерти, не одобряю его выбора, и гг вместе с учёными отправляется за помощью к Лайонсу и его предательскому братству. Тот впускает и выслушивает всех подряд, находясь под психологическим давлением (Настоящий старейшина Братства даже близко таких бы к бункеру не подпустил, хотя у Лайонса и бункера нету

) Гг узнаёт через Братство, где он может найти ГЕКК, и направляется в ещё одно убежище, в котором его вместе с ГЕККом задерживаем мы) Далее, уже на нашей базе среди нас происходит серьёзный раскол: Полковник Отем пытается взять АНКЛАВ под свой контроль, в то время как президент Эдем пытается сохранить власть и одновременно провести задушевную беседу с гг. Беседа удаётся.
Далее есть два пути развития: Либо гг осознаёт всю логику и важность планов АНКЛАВа и в момент истины вводит вирус в очиститель, либо гг ведёт себя довольно глупо и упрямо... спасает всех мутантов от гибели, предварительно подговорив президента к самоуничтожению.