1.1. Да, восстанавливается.
1.2 Второй такой терминал есть в самом "Лаки 38". Когда дойдёшь до него, у всех компаньонов в диалогах появится строчка вроде "Встретимся в люксе Лаки 38". Там можно хоть всех собрать, чтоб не скучно жилось.

Да, при увольнении компаньон телепортируется в свой дом или в люкс, в зависимости от того, что ему скажешь.
1.3. Да, в аддоновые локации можно только одному, но когда придёшь в какую-либо из них, компаньоны сами поуходят. И да, по возвращению в Мохаве их можно взять назад. В большинстве аддонов кстати есть свои компаньоны. От прокачанной версии ЭД-Э до легендарного Горелого.
1.4. Всех можно выполнить и всех прокачать. Компаньонов-легионовцев не предусмотрено. Если играть за легион, Аркаша и Бун возмущаться будут, а так всем в принципе пофигу, на чьей ты стороне. Анархию многие одобрят. Особенно Аркейд.
1.5. Аркейд даст личный квест в любом случае, ктоме отыгрыша за легион. Проси Анклав поддержать НКР и сохраняй по возможности хорошую репутацию в республике, тогда если даже финальную битву будешь отыгрывать за Хауса или независимость, НКРовцы будут драться на твоей стороне.
2.1 Да, потроны бесконечны.