У меня такое было, это не баг и исправляется очень просто. Всё дело в том, что ты, должно быть, повыполнял сюжетные квесты за НКР/Легион/Хауса. Выполни теперь что-нибудь за Йес-мена и он вновь будет путешествовать с тобой. Он же анархист.
И лучше, пока он тебя на остатки Анклава не наведёт, его не отпускай. Выберешь, кого Оставшиеся должны поддержать в финальной битве (НКР/Легион) и лучше, отпусти его во Фрисайд, раненых лечить. Тогда его уже совсем нельзя будет взять, зато подарит он тебе лучшую броню в игре.
После прохождения аркашиного квеста можешь проходить сюжетку за кого угодно, главное, оставайся в хороших отношениях с теми, кого попросил поддержать анклавовцев.