[mrTi]

Убери (физически) все есм и есп, кроме Fallout3.esm, фалы из папки data (просто перенеси куда то на время). Если не запустится, то сноси и переустанавливай игру. Если запустится, значит проблема в очередности загрузки модов. И на каком этапе загрузки вылетает игра?
Сам по себе ФОММ не влияет на игру, он вообще не связан с ней ничем, кроме установки очередности загрузки файлов. Так что проблема не в нем. Разве что скачал где-то зараженную версию ФОММ (кстати, очень похоже - первый раз запустился, и активировал вирус, потом перестали работать зараженные файлы. Очень советую проверить на вирусы).